Les missions de l'Institut sont de trois ordres :

connaissance de la région par des chercheurs français et européens, aide à la formation de chercheurs locaux aux nouveaux courants des sciences humaines, diffusion d'une image de la France dans la région et auprès des milieux scientifiques de l'étranger qui s'intéressent à la région. Autrement dit, nous sommes à la fois une centre de recherches, un médiateur intellectuel, ainsi qu'un opérateur de formation : l'IFEAC joue un rôle primordial dans l'encadrement doctoral et post-doctoral de jeunes chercheurs français, européens, ouzbeks et centre-asiatiques.

Les recherches menées dans le cadre de l'institut relèvent des différents domaines des sciences humaines, histoire, ethnologie, littérature, linguistique, archéologie etc. La compétence géographique de l'Institut s'étend sur les cinq républiques d'Asie centrale (Kazakhstan, Kirghizistan, Ouzbékistan, Tadjikistan, Turkménistan) et sur les régions voisines de même peuplement (Tatarstan, Bachkortostan, Nord de l'Afghanistan, Khorassan iranien, Xinjiang chinois).

En tant que USR (unité de service et de recherche 3140) du CNRS, l'IFEAC a pour mission de conduire des études archéologiques, historiques, politiques, géographiques, sociologiques portant sur l'Asie Centrale.